Muzaffer Topuz ilk kısımdan itibaren Galatasaray Lisesinde okudu. Galatasaray'ın fen bölümünü bitirdi. İstanbul Tıp  Fakültesi’ne girerek 1939'da mezun oldu.
Askerlik hizmetini kıt'a doktoru olarak Ankara'da yaptı.
Ankara Numune Hastahanesi’nde Nisaiye ihtisasını tamamladı. Daha sonra İzmir Devlet Hastahanesi Nisaiye mütehassıslığına atandı.
Bu görevde iken 1954'de kısa bir hastalıktan sonra tedavi için gittiği Paris'te vefat etti.
Muzaffer Topuz'un üç kardeşi de Galatasaray'da okumuştur. Hıfzı Topuz 1942 mezunudur.