Mahkeme defterlerindeki Osmanlıca metinlerin transkripsiyonu hazırlanırken okuma akışkanlığının bozulmaması için yalın bir yöntem benimsenmiştir. Arapça ve Farsça kelimeler orijinallerine uygun biçimde okunmaya çalışılmıştır. Uzatma olan sesli harflerde (ziyâde, âlî, hâzır örneklerinde olduğu gibi) A işareti; ayın harfinin geçtiği kelimelerde (bey‘, şer‘, i‘timad örneklerinde olduğu gibi) ayın harfinden sonra ‘ işareti; ve hemzenin kullanıldığı kelimelerde (su’âl, me’mûr, kâ’im örneklerinde olduğu gibi) hemzeden sonra ’ işareti kullanılmıştır.
Öz Türkçe kelimelerin okunuşunda kâtibin yazımına bağlı kalınarak dönemin telaffuzu yansıtılmaya çalışılmıştır. Gayrimüslim, yabancı, kilise, sinagog, cemaat adlarıyla yabancı kökenli yer adları da orijinal metinde yazıldığı gibi okunmuştur.
Mahkeme defterlerinin içlerindeki hükümler kodlanırken varak sayısı esas alınmıştır. Her bir varağın ilk sayfası a, ikinci sayfası b olarak sınıflandırılmış olup her sayfadaki hükümler de Arap rakamlarıyla birden başlayarak numaralandırılmıştır. Dolayısıyla 23b/2, 23’üncü varağın arka tarafında bulunan ikinci hükme verilen koddur...

---