Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi 1601 yılından bu yana Fener'deki Hagios Manastırı'nda hizmet vermektedir. Haliç sahilinden bakıldığında tepede görünen Marsilya tuğlasından inşa edilmiş olan kırmızı, kuleli, burçlarla kaplı tepedeki bina genelde Patrikhane binası olarak bilinmektedir. Oysa söz konusu bina 1881'de inşa edilmiş olan Fener Rum Erkek Lisesi'dir. Patrikhane, Fener'de kıyı yolunun hemen paralelinde bulunan Sadrazam Ali Paşa Caddesi'nde mütevazı bir kilise ve idari binalar topluluğu içinde yer almaktadır. Patrikhane'nin Aya Yorgi Kilisesi'ne bitişik olan idari binaları ise 1941'deki yangından büyük hasar görmüştür. Restorasyonuna 1989'da başlanan binalar 1991'de tamamlanmıştır. Patrikhane Kütüphanesi 1880 yılında yapılan iki katlı binanın üst katında yer aldı. 1904 yılında Patrik İokim tarafından bina kütüphane haline getirildi. İstanbul'da Rum Ortodoks Patrikhanesi içinde olan kütüphanenin temeli Heybeli Ada'daki Aya Triada Manastırı kütüphanesine dayanmaktadır. Manastırın kurucusu Patrik Germanos IV. Burada bulunan elyazması kitapların çoğunu Patrikhane Kütüphanesi'ne göndermiştir. Bu kitapların bir kısmı daha sonra Patrik Sofronios tarafından Fener Rum Erkek Lisesi'ne verilmiştir. Patrikhane kütüphanesi dünyanın en önemli arşivlerinden biridir. Elyazması eserler, padişah fermanları, minyatür, resim, gravür, fotoğraf gibi görsel dokümanlar bu kütüphanede korunmaktadır. Koleksiyonunun çoğunu bağışlarla oluşturan kütüphanede bugün 40,000'i Heybeliada'da, 26,000 ise Fener'de olmak üzere 65,000 cilt kitap vardır. Bunların yaklaşık 1,000 kadarı elyazması eserdir. Kütüphaneyi kullanmak için izin almak gerekir.