1891 yılında Müze-i Hümayun olarak kurulan İstanbul Arkeoloji Müzeleri ülkemizde müzecilik ve arkeoloji biliminin inşasında öncülük eden ilk ve tek kurumdur. İlk olarak, Tophane-i Amire müşiri Fethi Ahmet Paşa tarafından hicri 1266 tarihinde Aya İrini Kilisesi'nde toplatılan ve muhafaza edilen asar-ı atika, yabancı devletlerin konuklarının ilgisini çekmiştir. Sözkonusu kişilerin bu kilisede bulunan devlete ait savaş silahlarına ilgi duyup bu konuda bilgi toplamaları üzerine Harbiye Nezareti kaygılanmış ve Aya İrini Kilisesi boşaltılarak eski eserler, Topkapı Sarayı müştemilatından olan Çinili Köşk'e taşınmıştır. Eski eserleri teminat altına almak için 8 Nisan 1874'te hazırlanan ilk nizamname daha çok yabancı misafirleri gözettiği ileri sürülerek 1882'de Osman Hamdi Bey tarafından günün şartlarına uygun olarak yeniden düzenlenmiş ve 1883'te, bugün Eski Şark Eserleri Müzesi olarak kullanılan Sanayi-i Nefise Mektebi yaptırılmıştır. İstanbul Eminönü ilçesinde, İstanbul Arkeoloji Müzeleri'nin bir bölümünü oluşturan kütüphane, müze binası ile birlikte dönemin ünlü mimarlarından Sanayi-i Nefise Mektebi hocalarından mimar Alexandre Vallaury tarafından yaptırılmıştır. Yeni yapılan müze bina da, antik yapıların cephe görünümlerine benzemesine özen gösterilmiştir. Özellikle dış cephenin Ağlayan Kadınlar lahdinden ilham alınarak yapıldığı da söylenmiştir. Müze içerisinde teşhir ve düzenleme için geniş salonlara yer verilmiştir. Böylece ilk özgün müze olan bu yapının ilk bölümü 1891'de, diğer bölümleri de Sultan Abdülhamid'in izni ile 1903 ve 1907'de açılmıştır. Müzenin bir bölümünü oluşturan ve İmparatorluk Kütüphanesi olarak da nitelenen müze kütüphanesi U şeklindeki müze binasının girişinin sağındaki bölümün üst katında Hazine Dairesi'nin yanında yer almıştır. Geniş bir salondan içerisine girilen kütüphane tavana kadar ahşap ve iki katlı olarak düzenlenmiştir. Kütüphane yaklaşık 500 m2'lik bir alanı kapsamaktadır. Kütüphanenin büyük bir kısmı Osman Hamdi Bey'in satın alma ve bağışlarla sağladığı kitaplardan oluşmuştur. Açılışından itibaren gittikçe artan yazma ve basma eserler burada büyük bir yekûn tutmuştur. Çeşitli dillerde bilimsel, arkeoloji, sanat tarihi ve tarih ağırlıklı kütüphane uzmanlık kütüphanesi sınırlarını aşarak kitap mevcudu 80,000'e ulaşmıştır. Günümüzde süreli arkeolojik yayınların da yer aldığı kütüphanede uzmanlık dalı dışında çeşitli kitaplar bulunmaktadır. Ayrıca bağışlardan da önemli koleksiyonlar oluşmuştur. Bunların başında Ahmet Cevat Paşa koleksiyonu, Mehmet Şakir Paşa koleksiyonu, Sultan V. Mehmet Reşat koleksiyonu, Diyarbakırlı Sait Paşa koleksiyonu, Recaizade Ekrem koleksiyonu, Murtaza Hocazade Hatice Hanım koleksiyonu ve H. Turhan Dağlıoğlu koleksiyonlarını sayabiliriz. Kütüphanede çalışmak İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü'nden alınacak özel izne tabidir.